Ｊクラブは、プロとして活躍する選手を一人でも多く輩出するために１種（トップ・サテライトチーム）だけではなく、２種（ユースチーム）、３種（ジュニアユースチーム）、４種（ジュニアチームやスクール、クリニック）の育成年代の組織であるＪリーグアカデミーを持つことが義務づけられています。
2001年には、「選手育成プロジェクト」を立ち上げ、日本サッカーの強化、社会人として自立出来る人間教育、地域スポーツ振興を目的に、年代別の選手育成、学校や行政・地域との関係づくり、施設の確保と整備、指導者の養成・確保などの取り組みを始めました。
2002年には「日本型育成システムの確立」を目指すプロジェクトとして、Ｊリーグ・アカデミーがスタートしました。
Ｊリーグ・アカデミーでは、Ｊクラブに設置された「育成センター」を拠点に、将来のＪリーグプレーヤーの輩出を目的とした一貫指導、地域と連携して子どもたちを育む環境づくり、育成に関する調査、研究が行われてきました。
2002年に７つのモデル・クラブでスタートした育成センターは、2008年には全33クラブ（当時）に拡大し、幼児期からの指導の取り組みに成果を残し、サッカーの育成・普及に努めてきました。
そうした成果を受け、2009年、Ｊリーグアカデミーは「世界で活躍する選手の育成」に注力するプロジェクトの原点に立ち返り、Ｊクラブによる選手育成の取り組みを直接的に促すものへと移行することとなりました。
これに伴い、これまでの２種、３種、４種などの育成年代の呼称を従来の「下部組織」から、「Ｊリーグアカデミー」または「育成組織」と改めています。
また、2009年には「若年層プレーヤー改革プロジェクト」によって、若年層プロ選手（23歳以下の選手）に対する実践機会の創出などについて検討し、現在も若年層プレーヤーの試合環境の整備について検討されています。

Ｊリーグの選手育成は、育成年代、若年層プロ選手、プロ選手と、各年代、カテゴリーにおいてリーグ水準の向上、広く日本サッカーの強化のために、Ｊリーグ・Ｊクラブがより一層の連携をはかり、育成活動を推進していきます。