2006Ｊリーグ Ｊ１リーグ戦・Ｊ２リーグ戦の大会方式および試合方式は、下記の通り決定いたしました。
| 開催期間および試合数 | 大会方式 | 試合方式 | |
| Ｊ１リーグ戦 （18クラブ） |
3月4日（土）～12月2日（土） 【34節／合計306試合】 |
ホーム＆アウェイ方式による 2回戦総当たりリーグ戦 |
＜試合方式および勝敗の決定＞ ９０分間（前後半各４５分）の試合を行い、勝敗が決しない場合は引き分けとする。 ＜勝点＞ 勝利：３点、引き分け：１点、 敗戦：０点 ＜総合順位の決定方法＞ 全日程が終了した時点で、勝点合計の多いチームを上位とし、順位を決定する。但し、勝点が同じ場合は、以下の順によって順位を決定する。 【1】得失点差 【2】総得点数 【3】当該チーム間の対戦成績 （イ：勝点、ロ：得失点差、 ハ：総得点数） 【4】抽選 ※抽選は、Ｊ１・Ｊ２入れ替え戦への出場チームの決定、Ｊ２自動降格チームの決定等、理事会が必要と判断した場合のみ実施される。 |
| Ｊ２リーグ戦 （13クラブ） |
3月4日（土）～12月2日（土） 【52節／312試合】 |
ホーム＆アウェイ方式による 4回戦総当たりリーグ戦 |
＜試合方式および勝敗の決定＞ ９０分間（前後半各４５分）の試合を行い、勝敗が決しない場合は引き分けとする。 ＜勝点＞ 勝利：３点、引き分け：１点、 敗戦：０点 ＜総合順位の決定方法＞ 全日程が終了した時点で、勝点合計の多いチームを上位とし、順位を決定する。但し、勝点が同じ場合は、以下の順によって順位を決定する。 【1】得失点差 【2】総得点数 【3】当該チーム間の対戦成績 （イ：勝点、ロ：得失点差、 ハ：総得点数） 【4】抽選 ※抽選は、Ｊ１・Ｊ２入れ替え戦への出場チームの決定、Ｊ２自動降格チームの決定等、理事会が必要と判断した場合のみ実施される。 |
◆大会日程は現段階での予定です。変更の可能性もあります。
◆下線＝2005年度からの変更点。
