2018年、年代別日本代表の海外遠征から帰国した翌日に、トップチームの沖縄キャンプに合流すると、すぐにサブ組の練習試合に出場。「ラストチャンスだと思って、人生をかけた」とその試合で猛アピールし、高校2年生（4月から高校3年生）でJ1開幕スタメンの座をつかみ取った。わずか2週間の出来事で、のちに「その間は10秒くらいでした（笑）」と振り返るほど、激動のＪリーグデビューだった。

衝撃的なデビューを果たした菅原由勢だが、チームは夏に補強を進め、徐々に出番が減っていった。それでも明るさを失うことなく、むしろ“止める・蹴る”を徹底的に磨き続け、当時の風間八宏監督から求められた「相手の背中をとれ」という動きも会得。欧州での活躍につながる土台は、この時期の悔しさの中で築かれていった。