２００９年度クラブ編成は下記の通りとなります。

●全36クラブ
・コンサドーレ札幌
・ベガルタ仙台
・モンテディオ山形
・鹿島アントラーズ
・水戸ホーリーホック
・栃木ＳＣ　※
・ザスパ草津
・浦和レッズ
・大宮アルディージャ
・ジェフユナイテッド千葉
・柏レイソル
・ＦＣ東京
・東京ヴェルディ
・川崎フロンターレ
・横浜 Ｆ・マリノス
・横浜ＦＣ
・湘南ベルマーレ
・ヴァンフォーレ甲府
・アルビレックス新潟
・カターレ富山　※
・清水エスパルス
・ジュビロ磐田
・名古屋グランパス
・ＦＣ岐阜
・京都サンガF.C.
・ガンバ大阪
・セレッソ大阪
・ヴィッセル神戸
・ファジアーノ岡山　※
・サンフレッチェ広島
・徳島ヴォルティス
・愛媛ＦＣ
・アビスパ福岡
・サガン鳥栖
・ロアッソ熊本
・大分トリニータ

●Ｊ１(18クラブ)
・モンテディオ山形
・鹿島アントラーズ
・浦和レッズ
・大宮アルディージャ
・ジェフユナイテッド千葉
・柏レイソル
・ＦＣ東京
・川崎フロンターレ
・横浜 Ｆ・マリノス
・アルビレックス新潟
・清水エスパルス
・ジュビロ磐田
・名古屋グランパス
・京都サンガF.C.
・ガンバ大阪
・ヴィッセル神戸
・サンフレッチェ広島
・大分トリニータ

●Ｊ２(18クラブ)
・コンサドーレ札幌
・ベガルタ仙台
・水戸ホーリーホック
・栃木ＳＣ　※
・ザスパ草津
・東京ヴェルディ
・横浜ＦＣ
・湘南ベルマーレ
・ヴァンフォーレ甲府
・カターレ富山　※
・ＦＣ岐阜
・セレッソ大阪
・ファジアーノ岡山　※
・徳島ヴォルティス
・愛媛ＦＣ
・アビスパ福岡
・サガン鳥栖
・ロアッソ熊本


※：新規入会クラブ


以上