高校3年次の2010年にＪリーグデビュー。そのときにフィジカルの差を痛感して、筋力トレーニングはもとより、いかに効率的に筋肉を付けるかを考えた。食事もバランスを意識し、その後体幹の強化にも取り組んだ。「相手FWと並走したとき、自分としては倒れずに体を入れてボールを奪い切り、くるっと回って味方に縦パスをつけたい」とは当時の遠藤航の言葉。デュエル王の原点である。

2015年J1・2nd第2節・ヴィッセル神戸戦、相手のカウンターを受けた場面。局面は2対3と数的不利のなか、声で味方を動かしつつ自らボールに寄せてピンチを防いだ。当時チームを指揮していた曺貴裁監督をして「数ある選択肢のうち、どれがもっとも危険か察知できるのが（遠藤）航のいいところ」と言わしめた、遠藤の真骨頂と言えるプレーだった。

ペトロヴィッチ監督（現・名古屋グランパス監督）が率いた2016年からの1年半は3バックの中央でプレー。森脇良太、槙野智章と攻撃が好きなDFに挟まれながら守備を支えた。浦和加入時は21歳と若手だったが、臆することなく指示や意見を積極的に発信。先輩たちに「（遠藤）航は陰のリーダー」と言わしめるなど、のちに日本代表をまとめるキャプテンシーを当時から発揮していた。

PK戦にもつれ込んだ2016年のルヴァンカップ決勝・ガンバ大阪戦。最後は5人目のキッカー・遠藤航が決めて、浦和レッズが優勝を果たした。キッカー5人の人選は当時のペトロヴィッチ監督が決め、順番は立候補。遠藤は最後に残った5人目のキッカーを務めることになった。相手が4本目を外すと、「自分が決めて勝つ」という意気込みで臨み、落ち着いてゴール右に決めた。プレッシャーがかかる5人目のキッカーを平然と受け入れ、確実に決める――。遠藤のメンタルの強さが表れたシーンだった。