２００８年度クラブ編成は下記の通りとなります。
| 全33クラブ | Ｊ１（18クラブ） | Ｊ２（15クラブ） |
|---|---|---|
| コンサドーレ札幌 | コンサドーレ札幌 | ベガルタ仙台 |
| ベガルタ仙台 | 鹿島アントラーズ | モンテディオ山形 |
| モンテディオ山形 | 浦和レッズ | 水戸ホーリーホック |
| 鹿島アントラーズ | 大宮アルディージャ | ザスパ草津 |
| 水戸ホーリーホック | ジェフユナイテッド千葉 | 横浜ＦＣ |
| ザスパ草津 | 柏レイソル | 湘南ベルマーレ |
| 浦和レッズ | ＦＣ東京 | ヴァンフォーレ甲府 |
| 大宮アルディージャ | 東京ヴェルディ * | ＦＣ岐阜 ※ |
| ジェフユナイテッド千葉 | 川崎フロンターレ | セレッソ大阪 |
| 柏レイソル | 横浜 Ｆ・マリノス | サンフレッチェ広島 |
| ＦＣ東京 | アルビレックス新潟 | 徳島ヴォルティス |
| 東京ヴェルディ * | 清水エスパルス | 愛媛ＦＣ |
| 川崎フロンターレ | ジュビロ磐田 | アビスパ福岡 |
| 横浜 Ｆ・マリノス | 名古屋グランパス * | サガン鳥栖 |
| 横浜ＦＣ | 京都サンガF.C. | ロアッソ熊本 |
| 湘南ベルマーレ | ガンバ大阪 | |
| ヴァンフォーレ甲府 | ヴィッセル神戸 | |
| アルビレックス新潟 | 大分トリニータ | |
| 清水エスパルス | ||
| ジュビロ磐田 | ||
| 名古屋グランパス * | ||
| ＦＣ岐阜 ※ | ||
| 京都サンガF.C. | ||
| ガンバ大阪 | ||
| セレッソ大阪 | ||
| ヴィッセル神戸 | ||
| サンフレッチェ広島 | ||
| 徳島ヴォルティス | ||
| 愛媛ＦＣ | ||
| アビスパ福岡 | ||
| サガン鳥栖 | ||
| ロアッソ熊本 | ||
| 大分トリニータ |
太字・下線：Ｊ１・Ｊ２入れ替えクラブ
*：呼称変更クラブ
※：新規入会クラブ
*：呼称変更クラブ
※：新規入会クラブ
■呼称変更クラブ
| チーム名 | 呼称 | |
|---|---|---|
| （変更前） | F.C.ニッポン | 東京ヴェルディ１９６９ |
| （変更後） | （変更なし） | 東京ヴェルディ |
| チーム名 | 呼称 | |
|---|---|---|
| （変更前） | 名古屋グランパスエイト | 名古屋グランパスエイト |
| （変更後） | （変更なし） | 名古屋グランパス |
