2006年度クラブ編成は下記の通りとなります。

●Ｊ1（18クラブ）
鹿島アントラーズ
浦和レッズ
大宮アルディージャ
ジェフユナイテッド千葉
ＦＣ東京
川崎フロンターレ
横浜Ｆ・マリノス
ヴァンフォーレ甲府
アルビレックス新潟
清水エスパルス
ジュビロ磐田
名古屋グランパスエイト
京都パープルサンガ
ガンバ大阪
セレッソ大阪
サンフレッチェ広島
アビスパ福岡
大分トリニータ

●Ｊ2（13クラブ）
コンサドーレ札幌
ベガルタ仙台
モンテディオ山形
水戸ホーリーホック
ザスパ草津
柏レイソル
東京ヴェルディ１９６９
横浜ＦＣ
湘南ベルマーレ
ヴィッセル神戸
徳島ヴォルティス
※愛媛ＦＣ
サガン鳥栖

※：新規入会クラブ

■新規入会クラブ
【法人名】株式会社愛媛ＦＣ
【チーム名】愛媛ＦＣ
【呼称】愛媛ＦＣ

以上